Порушення структури хромосом, які відбуваються синхронно в обох хроматидах.

Класифікують делеції (видалення ділянки хромосоми), інверсії (зміна порядку генів ділянки хромосоми на зворотний), дуплікації (повторення ділянки хромосоми), транслокації (перенесення ділянки хромосоми на іншу).

Хромосомні перебудови носять, як правило, патологічний характер і нерідко призводять до загибелі організму.